Conformément aux articles L.713-9 et L.719-5 du code de l’Education, le Conseil définit le programme de recherche et d’observations ainsi que le programme pédagogique de l'OMP. Il adopte le budget de l'Observatoire. Il donne son avis sur les contrats dont l'exécution le concerne et soumet au Conseil d'Administration de l'Université la répartition des emplois. Il est consulté sur les recrutements. Il adopte et peut modifier le règlement intérieur de l’observatoire. Il élit son Président  au sein des personnalités extérieures. Il propose la nomination du Directeur de l’OMP au Ministère en charge de l’enseignement supérieur. Le Directeur de l’OMP, qui assiste au réunion du Conseil avec voix consultative, prépare les délibérations du Conseil et en assure l'exécution.

Les membres du Conseil

12 membres élus le 11 Juin 2008, pour 4 ans :

• Collège A (3 Chercheurs, Enseignants-Chercheurs et assimilés de rang A,) : Jean-Luc Atteïa, Philippe Louarn, Joseph Martinod
• Collège B (3 Chercheurs, Enseignants-Chercheurs et assimilés de rang) : Hervé Carfantan, Raphaël Garcia, Catherine Liousse
• Collège C (6 personnels administratifs, ingénieurs, techniques et de service) : Hugues Alexandre, Elodie Bourrec, Martine Lafon, Philippe de Parseval, Roger Pons, Delphine Texier 

7 personnalités extérieures désignées le 27 Mai 2009, pour trois ans :

• 1 représentant du Conseil Régional Midi-Pyrénées : Nicole Belloubet
• 1 représentant du CNES : Richard Bonneville
• 1 représentant de l’IRD : Bernard Dreyfus
• le directeur de l’INSU ou son représentant
• 2 représentants du monde socio-économique :
- Philippe Bougeault, Météo-France
- Roland Cantié, EADS / ASTRIUM
• 1 personnalité choisie à titre personnel :Yves Gaudemer, Professeur à l’Université Denis Diderot, Président du Conseil de l’OMP

Invités permanents

• Président de l’Université Paul Sabatier : Gilles Fourtanier
• Déléguée Régionale du CNRS : Patrick Mounaud
• Directeur de l’OMP : Pierre Soler
• Directeurs des Unités de l’OMP : MM. Rémi Cabanac (TBL), Yves Morel (LEGOS), Martin Giard (IRAP), Yann Kerr CESBIO), Michel Grégoire (GET), Jean-Luc Probst (ECOLAB), Franck Roux (LA)
• Responsable Administratif de l’OMP : Muriel Salles

3 élus doctorants au Conseil Scientifique de l’OMP le 4 Décembre 2008 pour 4 ans :

• Pierre Delsart
• Céline Engel
• Joseph Lanoux

 Le conseil scientifique (CS) propose les grandes orientations de la politique scientifique de l'OMP, dans le contexte global défini par le Conseil de l'établissement.
 Il propose toute action permettant d'améliorer le niveau scientifique des laboratoires et des équipes de recherche de l’OMP et répartit les crédits de recherche dans le cadre de la politique financière et budgétaire établie par le Conseil de l'OMP.
 Enfin, il soutient et développe les initiatives et collaborations scientifiques avec divers organismes internes ou extérieurs à l'Université et donne son avis sur les recrutements et promotions des Astronomes et Physiciens (CNAP).

24 membres élus (7 juin 2005 au 6 juin 2009)

Secteur Astronomie

• Martin GIARD (CESR), DR CNRS (Membre du Bureau CS)
• Sylvie ROQUES (LATT), DR CNRS (Vice-Présidente du CS)
• Thierry CONTINI (LATT), CR CNRS
• Boris DINTRANS (LATT), CR CNRS

Secteur Océan-Atmosphère

• Nelly MOGNARD-CAMPBELL (LEGOS), Ing. CNES
• Eric MOUGIN (CESBIO), DR CNRS
• Pierre DURAND (LA) DR CNRS ( Membre du Bureau CS)
• Florence BIROL (LEGOS), Physicien Adjoint
• Patrick MARSALEIX (AEROLOGIE), CR CNRS
• Dominique SERCA (AEROLOGIE), MDC UPS

Secteur Sciences de la Terre

• Mark JESSELL (LMTG), DR IRD
• Annie SOURIAU (DTP), DR CNRS (Membre du Bureau CS)
• Anne BRIAIS (DTP), CR CNRS
• Stéfano SALVI (LMTG), CR CNRS

ITA/ITARF/ITAOS

• Claude AOUSTIN (CESR), IR CNRS
• Philippe AMBERT (TBL), IE CNRS
• Michel-Emile ARMENGAUD (CESR), IR CNRS
• Frédéric CANDAUDAP (LMTG), AI CNRS
• Driss KOUACH, (UMS 831), IR CNRS
• Jacqueline PLATZER (ASTRO), IR CNRS (Membre du Bureau CS)
• Marc SOUHAUT (LEGOS), ADTP CNRS

Doctorants ( 4 Décembre 2008 au 3 Décembre 2012)

• Pierre DELSART
• Céline ENGEL
• Joseph LANOUX

10 Membres de droit :

• Directeur de l’OMP : Pierre SOLER (Président CS)
• Directeurs des Unités : Rémi CABANAC, Eric CHAUVET,Yves DU PENHOAT, Yann KERR, François MARTIN, Georges CEULENEER, Sylvie ROQUES représentée par Frédéric PALETOU, Franck ROUX, Jean-André SAUVAUD.

3 Membres extérieurs :

• Alain CASTETS, Obs. Bordeaux
• Jean CHERY, GM Montpellier
• Francis GROUSSET, OASU
• Joël NOILHAN, Météo-France
• Jacques ROY, CEFE

 Invités permanents :

• Sylvie ETCHEVERRY, Service Communication OMP
• Luc LAMBS, ECOLAB (Personnels)
• Patrick MASCART, Directeur Ecole Doctorale SDU2E
• Anne-Marie MOLY, Secrétariat CS
• Jean-Luc ROLS, ECOLAB (Direction)
• Muriel Salles, Responsable Administrative OMP
• Geneviève SOUCAIL, Directrice-Adjointe OMP
• Delphine TEXIER, Responsable des Relations Internationales OMP