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Atelier permanent : méthodes numériques, données, traitement du signal

Coordinateurs : Hervé Carfantan (IRAP), Etienne Gondet (UMS831), Roland Martin (GET).

L'atelier permanent de l'OMP a comme objectif principal de regrouper étudiants, chercheurs et ingénieurs des laboratoires de l’OMP et de Météo France afin de participer, par une démarche interdisciplinaire, au développement en "méthodes numériques, données, traitement du signal" dans les sciences de l'univers. Mos clés : traitement, signal, image, données, data HPC, calcul intensif, python, R , visualistaion, modèle numérique, apprentissage, machine learning, deep learning...

Le Comité Scientifique de l’Observatoire a estimé qu’il était indispensable de monter au sein de l’Observatoire une structure de réflexion, d’échange et de formation tournée vers le calcul scientifique, le calcul haute performance (HPC), la gestion des données, la modélisation et le traitement du signal. La proposition qui en découle est le projet de mise en place d’un atelier permanent «Méthodes numériques, données, traitement du signal».

L'atelier permanent  est structuré sur 3 niveaux :

  •    une mailing list ouverte à tout membre de l'une des unités de l'Observatoire Midi-Pyrénées.
  •    un comité de pilotage représentatifs des différentes unités
  •    un bureau composé de 3 personnes.

Afin d’atteindre ces objectifs, l’atelier permanent a le mandat de :
-- Organiser  des réunions régulières autour de problèmes, méthodes, outils, …
-- Organiser des journées scientifiques ou techniques, en invitant le cas échéant des personnalités extérieures.
-- Susciter des projets de collaborations et favoriser leur démarrage.
-- Proposer des formations.
-- Faire vivre un site informatique de partage et d'échange.
-- afficher les activités en calcul scientifique et en analyse et traitement des données
-- Sensibiliser et former les chercheurs aux concepts, méthodes et outils, échanger les savoirs aussi bien méthodologiques que techniques dans le domaine.

Les supports des actions menées sont disponibles sur le site collaboratif de l'atellier permanent de l'OMP :

https://sourcesup.renater.fr/wiki/atelieromp

Journées Thématiques :

  • 7 décembre 2018 : ML@SDU (A confirmer) - Apprentissage automatique (Machine Learning) et classification en sciences de l'univers.
  • 6 Novembre 2018 : 2ième édition de RNN2DL(des  Réseaux de NeuroNes au Deep Learning) plus orienté Retours d'EXpériences que théorie.
    •  M. Alcoba (GET) - Cartes de pluie issues de lien micro-onde  par apprentissage sur des données radar avec des réseaux de neurones.
    • D. Blumstein (CTOH/LEGOS) - Inversion de mesures altimétriques par apprentissage artificiel.
  • 05 Juillet 2018  : ImproveEnglish_2_publish-Améliorer ses publications en anglais. Nicholas Hall (LEGOS) et Jeroen Sonke (GET)
  • 25 Mai 2018     : DATA@OMP : La politique de la donnée à l'OMP le Matin.
  • 1er Mars 2018  : Parallélisme hybride MPI/OpenMP : P. Wautelet LA/OMP et E. Courcelle/CALMIP.
  • 26 Février 2018: Introduction générale au HPC. N. Renon/CALMIP et G. Hautreux/GENCI.
  • 7 Novembre 2017 - RNN2DL: Des Réseaux de NeuroNes au Deep Learning, Retours d'expériences et méthodes pour la recherche.
    • N. Rodriguez Fernandez (CESBIO) - Cartographie globale de l'humidité du sol et des paramétres de la végétation par réseaux de neurones.
    • P. Dayre (IRIT) : Des réseaux de neurone au Deep Learning. Retours d'expériences et pratiques pour la recherche.
    • C. Raissi (INRIA) : Présentations en 2 parties :
      • Détection de nébuleuses planétaires par réseaux de neurones profonds.
      • Estimation de formes 3D d’astéroïdes à partir d’auto-encodeur variationnel.

Séminaires :

  • 4 Décembre : M. Alcoba (GET) - Visualisation temps réel basée sur R et shiny pour des champs de pluie issus des réseaux de téléphonie mobile (Rain Cell).
  • 2 Octobre : droit et protection des données :
    • Williams Exbrayat (Documentation/OMP) : Le droit applicable aux données métadonnées et bases de données. Apport et innovation de la loi sur la république numérique et le rgpd européen.
    • Guillaume Brissebrat (SEDOO/OMP) : Les DOI (Data Object Identifier). Comment les obtenir et les utiliser.
  • 12 Avril : L. Gross-Colzy (PIXSTART) Correction atmosphérique au dessus de l’eau par ACP puis réseaux de neurones. 10h30 salle Coriolis.
  • 8 Mars 2018 : S. Mangiarotti (CESBIO) - Présentation du package GPoM développé au CESBIO permettant d'obtenir des jeux d'équations de la dynamique à partir de séries observationnelles. 11h Salle Pyrénées.
  • 23 Janvier 2018 : L. Risser (IMT) - python pour l'apprentissage (machine learning avec scikit learn).
  • 7 Novembre 2017 : Séminaire Nemesio Rodriguez Fernandez (CESBIO) - Cartographie globale de l'humidité du sol et des paramétres de la végétation par réseaux de neurones.
  • 3 Octobre 2017 : E. Anterrieu (CESBIO) - atelier flash : Calculer sur GPU avec matlab à 10h30-12h30
  • 26 Septembre 2017 : L. Orgogozo (GET) - Introduction à OpenFOAM®, boite à outil pour la mécanique des fluides numérique en calcul haute performance".
  • 12 Septembre 2017 : Jean-Luc Estivalèzes (dir. CALMIP) - ATLAS, le système de stockage du mésocentre CALMIP.
  • 6 juin 2017 : H. Valentin (IRAP) - Découvrir le langage Julia au travers d'applications associées aux détecteurs Infra-Rouge de CAGIRE".
  • 2 Mai 2017 à 10h30 Salle Coriolis : Michel Gay (GIPSA/CNRS) - 2 séminaires en partenariat avec l'axe arctique de l'OMP :
    • Orienté méthode : Traitement des images satellitaires Radar à Synthèse d’Ouverture (RSO) appliqué à l’observation de la cryosphère : bilan et perspectives.
    • Orienté application : Utilisation des images RSO pour l’observation de la neige, la glace, des glaciers, la banquise, des icebergs, du permafrost.
  • 10 Avril 2017 : Laurent Risser (IMT) - 2 séminaires :
    • Classification de courbes d’otoesmission-acoustique (collab. J.M. Loubes et AMIS).
    • Classification AD/MCI am partir de la forme du cerveau (collab. Dauphine).
  • 07 Février 2017 : Laurent Roblou (UMS831) - “NCL, une (autre) alternative gratuite pour le calcul scientifique et la visualisation”.
  • 06 Décembre 2016 : Fernando Niño (LEGOS) - Python à tout faire.
  • 15 Novembre 2016 : Jean Michel GLORIAN (IRAP) - Retour des développements java à l'OMP et de CASSIS en particulier.
  • 04 Octobre 2016 : Joao De Pessoa (ANA-Agence Nationale de l'eau Brésilienne) - “Modélisation rapide des crues éclairs ” .
  • 05 Juillet 2016 : Bertrand Putigny (IRAP). "Présentation d'outils d'aide à l'optimisation de code Fortran ou C".
  • 16 Juin 2016 : Joao De Pessoa (ANA-Agence Nationale de l'eau Brésilienne) :  "Les identités pluviométriques".
  • 07 Juin 2016 : Emmanuel Caux (IRAP) - "Détermination des paramètres physiques des raies moléculaires par stacking. Distribution basée sur un script CASSIS."
  • 03 Mai 2016 : Etienne Gondet (Moyens communs) - "Propriété intellectuelle et valorisation des logiciels".
  • 05 Avril 2016 : Frédéric Paletou (IRAP) - "Méthodes itératives en transfert de rayonnement : distribution basée sur python et un web service".
  • 08 Mars 2016 : Fernando Nino (LEGOS) - "Programmation concurrente pour le traitement de données: panorama et applications en Python".
  • 02 Février 2016 : Henri Samuel (IRAP) -"Modélisation d'écoulements par les méthodes Particle-In-cell : avantages, inconvénients et possibles améliorations".
  • 25 Juin 2015 - Muriel Gerbault (GET) - "Modélisation thermo-mécanique en géodynamique: méthodes et problèmes".
  • 07 juillet 2014 - Prof. Mahouton Norbert Hounkonnou -" Système d'équations non linéaires de Boussinesq, symétries et solutions exactes".
  • 06 juin 2014 - "Christophe Monin (GET) -"Valorisation des données obtenues par forage scientifique dans les océans".

Ateliers :

  • 14 Novembre 9h00 - 13h00 : Atelier “Les bases de Python pour des scientifiques”
  • 05 Juillet PM :  ImproveEnglish_2_publish-Améliorer ses publications en anglais. Suite à une demi-journée thématique le amtin.
  • 21 Mars de 9h00 à 12h30 : Atelier "Les bases de Python pour des scientifiques" par Fredéric Paletou (IRAP).
  • 23 Janvier 2018 : L. Risser (IMT) atelier 14h-17h sur python pour l'apprentissage (machine learning avec scikit learn).
  • 15 Novembre 2017 de 9h00 à 12h30 : Atelier "Les bases de Python pour des scientifiques" par Fredéric Paletou (IRAP).
  • 3 Octobre 10H30_12h30 : Atelier flash Eric Anterrieu (CESBIO). Calculer sur GPU avec matlab.
  • 26 Septembre 2017 à 14h : L. Orgogozo (GET) - Introduction à OpenFOAM®, boite à outil pour la mécanique des fluides numérique en calcul haute performance".
  • 31 Mars 2017 à 9h : Le DeepLearning par la Théorie par les sociétés ATOS et NVIDIA.
  • 08 Février 2017 : Atelier “Les bases de Python pour des scientifiques” par Fredéric Paletou (IRAP).
  • 21 Novembre 2016 : Atelier “Les bases de Python pour des scientifiques” par Fredéric Paletou (IRAP).
  • 05 Juillet 2016 : Atelier - Prise en main d'un outil Intel d'optimisation par vectorisation (Intel Advisor) par B. Putigny (IRAP).
  • 30 Mars 2016 : Atelier "Les bases de Python pour des scientifiques" par Fredéric Paletou (IRAP).
  • 22 Mars 2016 : Cas d'application de python + numpy a un exemple basé sur un MCMC (Monte Carlo Markov Chain/algorithme de Métropolis-Hastings). Arnauld Biganzoli (RdE), Etienne Gondet (UMS), Alexandre Sauvé (IRAP).
  • 14 Mars 2016, Atelier flash sur 2h.  "Matlab en 2h."  par Hervé Carfantan (IRAP)

Formations :

  • 24 et 25 Octobre 2017 : Y. Auda (GET/OMP)-Géomatique et statistiques avec les outils du monde libre Qgis, Grass et R. .
  • 23 Octobre : D. Rengel (INRA)-Révisions statistiques avec le logiciel R (statistiques descriptives ou inférentielles, ACP, classif, tests comme anova, chi2, exact de fischer, t-test… pour donner une idée du programme. )
  • 22 Octobre 2017 : V. Regard (GET/OMP)-Introduction aux SIG (Systèmes d'Information Géographique) avec Qgis pour les débutants.
  • 14 et 15 Juin 2018 : Python niveau intermédiaire pour le traitement de données par L. Risser (IMT)
  • 26 au 28 Février 2018 : HPCpourTOUS
  • 5 au 6 Février 2018 : Initiation au logiciel R par David rengel (INRA).
  • 25 au 26 Octobre 2017 : Géomatique et statistiques avec les outils du monde libre Qgis, Grass et R. Yves Auda (GET/OMP).
  • 23 Octobre 2017 : Introduction aux SIG (Systèmes d'Information Géographique) avec Qgis pour les débutants. Vincent Regard (GET/OMP).
  • 13 Avril 2017, Formation “Le Deep Learning par la pratique avec CAFFEE, TORCH, DIGITS” par les sociétés ATOS et NVIDIA.
  • 10 au 12 Avril 2017 : Formation “Python Niveau Intermediaire pour les scientifiques” par Laurent Risser IMT/UPS, Etienne Gondet (UMS) avec le soutien de la formation permanente de la DR14 du CNRS.
  • 26 et 27 Octobre 2016 : Le logiciel R pour les statistiques, HAdrien Commenges( GeoParisTech/Univ. Paris 1 Panthéon-Sorbonne).
  • 24 et 25 Octobre 2016 : Outil de Visualisation 3D du monde libre (Paraview, Visit, …). Martial Mancip (Maison de la simulation).
  • 21 et 22 Mars 2016 : Formation "Python pour tous" par Arnauld Biganzoli (RdE), Etienne Gondet (UMS), Christophe Halgand(RdE). Formation en partenariat avec RdE (Réseau des Electroniciens).
  • 25 et 26 Février 2016, Formation "Les SIG du monde libre Grass et Qgis." par Yves Auda (GET), Etienne Gondet(UMS831) et Vincent Regard (GET).
  • 10 et 11 Février 2015, Formation "Les SIG du monde libre Grass et Qgis." par Yves Auda (GET), Etienne Gondet(UMS831) et Vincent Regard (GET).

Groupes de travail thématiques :

  • SIG (Systèmes d'Information Géographiques) et statistiques
  • Langages pour le traitement de données : Python, Julia, Matlab...
  • HPC (High Performance Computing), visualisation 2D et 3D.
  • Machine Learning et Deep Learning (apprentissage automatique et apprentissage profond).
  • Gestion, management et valorisation des données.
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